@@ -9,22 +9,23 @@ Genetikai kódunkat a következő 4 bázis alkotja:
* Timin (T)
A genetikai vizsgálatunkhoz egy olyan programot kell írni, ami egy előre meghatározott leírásból (továbbiakban konfiguráció) képes létrehozni egy állapotgépet és egy DNS lánc elemzését el tudja végezni a konfiguráció alapján.
## Emlékeztető
Emlékezz vissza a Programozás alapjai 1 illetve a Digitális technikák tárgyon használt állapotgépekre (véges automaták), mire voltak elegendőek? Hogyan működtek?
A korábbi tantárgyakkal ellentétben itt az egyes állapotátmeneteknél nem lesz elvégzendő tevékenység (pl.: ly számláló esetén a számláló növelése, ha ly-t találtunk), hanem lesznek érvényes, "elfogadó" állapotok, azaz miután a bemenet elfogyott, és ebben az állapotban (vagy állapotokban) van az automata, elfogadunk, a bemenet jó volt, különben nem. Ezzel gyakorlatilag a véges automaták matematikai modelljéhez jutunk (Bővebben majd algoritmuselmélet tárgyon). Emiatt a korábban megismert ly számláló mását (pl. AC számláló) nem lehet megvalósítani, csak azt tudjuk eldönteni hogy van-e benne AC szakasz, vagy van-e benne 3db AC szakasz, számlálni nem lehet.
A korábbi tantárgyakkal ellentétben itt az egyes állapotátmeneteknél nem lesz elvégzendő tevékenység (pl.: ly számláló esetén a számláló növelése, ha ly-t találtunk), hanem lesznek érvényes, "elfogadó" állapotok, azaz miután a bemenet elfogyott, és ilyen állapotban van az automata, elfogadunk, a bemenet jó volt, különben nem. Ezzel gyakorlatilag a véges automaták matematikai modelljéhez jutunk (Bővebben majd algoritmuselmélet tárgyon). Emiatt a korábban megismert ly számláló mását (pl. AC számláló) nem lehet megvalósítani, csak azt tudjuk eldönteni hogy van-e benne AC szakasz, vagy van-e benne 3db AC szakasz, számlálni nem lehet.
## Konfiguráció
Konfigurációs fájl első sora az állapotok számát kódolja (N), a következő N sorban, soronként az állapotok típusa (elfogadó - I, nem elfogadó - H) és az állapotok nevei (max 20 karakter) találhatóak, szóközzel elválasztva. Az első megadott állapot a felsorolásban a kezdőállapot. Ezután az állapotátmeneteket tartalmazó NxN-es mátrix következik a következő formában (a fejléc és az első oszlop nem része a konfigurációnak):
Konfigurációs fájl első sora az állapotok számát kódolja (N), a következő N sorban, soronként az állapotok típusa (elfogadó - I, nem elfogadó - H) és az állapotok nevei (max 20 karakter) találhatóak, szóközzel elválasztva. Az első megadott állapot a felsorolásban a kezdőállapot. Ezután az állapotátmeneteket tartalmazó NxN-es mátrix következik a következő formában:
Állapotok | A_1 | A_2 | ... | A_N |
--- | --- | --- | --- |--- |
A_1 | A_1->A_1 | A_1->A_2 | ... | A_1->A_N |
A_2 | A_2->A_1 | A_2->A_2 | ... | A_2->A_N |
... | ... | ... | ... | ... |
A_N | A_N->A_1 | A_N->A_2 | ... | A_N->A_N |
```
A/1->A/1 A/1->A/2 ... A/1->A/N
A/2->A/1 A/2->A/2 ... A/2->A/N
... ... ... ...
A/N->A/1 A/N->A/2 ... A/N->A/N
```
Az első sor (A_1-hez tartozó) a mátrixban az első állapotból induló átmeneteket mutatja az előző felsorolás sorrendjében, mely bemeneti bázis esetén mely állapotba kerül onnan az automata. A mátrix 2. (A_2) sorában és 3. (A_3) oszlopában találhatóak azon bázisok, melyek hatására a 2. állapotból a 3.-ba kell kerüljön az automata... A celábban a bázisok a rövidítésekkel vannak feltüntetve elválasztó jelek nélkül (pl. CAT), a mátrix soraiban több és eltérő db szóköz gondoskodik a szeparálásról. Ha valahol nincs átmenet, ott nulla (`'0'`) szerepel.
Az első sor a mátrixban az első állapotból (A/1, kezdőállapot) induló átmeneteket mutatja az előző felsorolás sorrendjében, mely bemeneti bázis esetén mely állapotba kerül onnan az automata. A mátrix 2. sorában és 3. oszlopában (A/2->A/3) találhatóak azon bázisok, melyek hatására a 2. állapotból a 3.-ba kell kerüljön az automata... A celábban a bázisok a rövidítésekkel vannak feltüntetve elválasztó jelek nélkül (pl. `CAT`), a mátrix soraiban több és eltérő db szóköz gondoskodik a szeparálásról. Ha valahol nincs átmenet, ott nulla (`'0'`) szerepel.
Beolvasáshoz ajánlott a `std::ifstream` használata, hasonlóan használható, mint az `std::cin`, azaz `>>`-val történő beolvasáskor eldobja a felesleges whitespace-eket.
...
...
@@ -58,10 +59,10 @@ public:
```
Két globális függvényt is készítettem az enum kezeléséhez, ami a `char -> Bazis` és `Bazis -> char` konverziót segíti elő.
A megoldáshoz az **Allapotgep** belső logikája, mezői szabadon megváltoztathatóak, a publikus interfész azonban nem, és nem is bővíthető. Szükség esetén új osztályok szabadon felvehetők az`allapotgep.h` fájlba. (Tipikusan legalább még 1-2 osztály felvétele szükséges a szép megoldáshoz.) Az osztályok tagfüggvényeit az `allapotgep.cpp` fájlban kell megvalósítani.
A megoldáshoz az **Allapotgep** belső logikája, mezői szabadon megváltoztathatóak, a publikus interfész azonban nem, és nem is bővíthető. Szükség esetén új osztályok szabadon felvehetők az`allapotgep.h` fájlba. (Tipikusan legalább még 1-2 osztály felvétele szükséges a szép megoldáshoz.) Az osztályok tagfüggvényeit az `allapotgep.cpp` fájlban kell megvalósítani.
A `konfigural(const char* fajlnev)` függvény kivételt dob, ha a fájlt nem lehet megnyitni, a kivétel során a **neptun** kódodat kell eldobni. A konfiguráció minden esetben a fenti leírásnak megfelelő, más hibakezelést nem kell megvalósítani.
A `konfigural(const char* fajlnev)` függvény kivételt dob, ha a fájlt nem lehet megnyitni, a kivétel során a **neptun** kódodat kell eldobni. Ha már van egy aktív, beolvasott konfiguráció, akkor a függvény újboli meghívásakor, ammenyiben a fájl létezik, a korábbi konfigurációt törli és alaphelyzetbe áll. A konfiguráció minden esetben a fenti leírásnak megfelelő, más hibakezelést nem kell megvalósítani.
## Példa
A konfigurációs fájl:
...
...
@@ -76,7 +77,7 @@ Ezen fájlhoz tartozó állapotgép diagramja:
Példa bemenet: `{Adenin, Guanin, Timin, Citozin, Citozin, Timin}`, ekkor elfogadunk. Ezen bemenet végeztével az `aktualisallapot()` függvény `"ParosTimin"` karakterláncot adja vissza.
Példa bemenet: `{Adenin, Guanin, Timin, Citozin, Citozin, Timin}`, ekkor elfogadunk (`elfogad()` függvény igaz logikai értékkel térne vissza). Ezen bemenet végeztével az `aktualisallapot()` függvény `"ParosTimin"` karakterláncot adja vissza.
Vizsgáld meg az `implikacio.txt` fájlt is! Rajzold fel a hozzá tartozó diagramot, ha szükséges.
...
...
@@ -84,5 +85,7 @@ Vizsgáld meg az `implikacio.txt` fájlt is! Rajzold fel a hozzá tartozó diagr
A Git tárolóból letölthető [https://git.ik.bme.hu/Prog2/szorgalmi_feladatok/genetika](https://git.ik.bme.hu/Prog2/szorgalmi_feladatok/genetika)
fájlok felhasználásával hozz létre a lokális fejlesztőkörnyezetedben egy C++ projektet! Ehhez felhasználható a *Makefile*, amiben megtalálhatók a fordítási opciók. Tervezz, fejlessz, tesztelj, majd töltsd fel a megoldását a Jporta rendszerbe!
A megoldás során STL tárolók használata tiltott!! A feladat lényege a dinamikus memóriakezelés gyakorlása C++ alatt és az OO fejlesztéssel való ismerkedés. Figyelj az egységbezárásra és arra, hogy a feladatokat egyenletesen oszd el az osztályok között, a szép megoldához, még 1-2 osztály felvétele kell.
## Beadás
Beadandó az `allapotgep.cpp` és `allapotgep.h` fajl. A `genetika_teszt.cpp`-t nem kell beadni, az a teszteléshez van. A Jporta nagyon hasonló programal fog tesztelni.
